初代魚津水族館は、北陸本線の全線開通を記念して大正2年9月に開催された富山県主催「一府八県連合共進会」の第二会場として建設されました。共進会会場は5箇所に分かれており、富山市には本館や参考館、馬匹共進会、畜産陳列館があり、魚津市には水族館が建設されました。初代魚津水族館は、日本海側で初の水族館でした。共進会において水族館が建設されたのは、それまで日本各地で開かれていた博覧会や共進会において、水族館が設置された流れだと推測されます。

二代目魚津水族館は、昭和29年4月に開催された富山産業大博覧会の魚津会場に、日本海側最大の水族館として建設されました。水族館の人気は高く、ホタルイカ遊覧船も好評でした。博覧会終了後は魚津市の運営となり、富山県唯一の水族館として、県内外からの来館者に親しまれていました。また、生きたホタルイカが手に入る唯一の施設として、発光生物を求める研究者が各地から訪れました。老朽化により、昭和55年10月末で閉館しました。

三代目魚津水族館は、日本海側最大級の水族館として昭和56年4月にオープンしました。「北アルプスの渓流から日本海の深海まで」「日本海を科学する」を基本テーマに、富山県・富山湾の水生生物を中心に展示を行っています。 富山湾大水槽の全面アクリル製トンネルは日本で初めて設置しました。平成25年3月に創立100周年記念リニューアルをして、より富山にこだわった展示や世界の環境、そして水族館の裏方などを見せる施設に進化しました。

日本初の全面アクリル製の水中トンネル（左）と、リニューアルで登場した「田んぼの生物多様性コーナー」。5月に田植えをした稲は、稲刈りができるほどに生長しました。キタノメダカやアカハライモリ、トノサマガエル、マルタニシなども元気に暮らしています。